research

Docker で jupyter notebook から Caffe を試した

前提 Caffe を試したくなったが環境構築に苦労したのでメモ。 ハード: MacBook Pro 13in retina (late 2013) OS: OS X El Capitan なので CPU モードしか試していない。 最初はふつうにビルドしようとしたのだが、依存関係が多すぎたり、python 2 なのか 3 …

journal file を使った CUI での Fluent の実行について

前置き マニュアルとしては、ANSYS Fluent Text Command List というものがある。あるが、辞書のようにコマンドが羅列されているだけで、実際の書き方がわからない。ひどいことに、Fluent の他のマニュアルを見てもごくごく簡単な例(単なる solve/iterate 1…

論文の英文校閲サービスで直されたもの

初めて論文原稿の英文校閲サービスを使ってみた。このようなものが直されたよ、というのを共有するのはそれなりに有益と考えるので列挙してみる。 何か質問があればここか twitter の @dynamicsoar にきいてくれれば答えます。 前提 英文校閲サービスは Amer…

モモンガ (flying squirrel) の飛行に関する記事への感想

ソースと概要 http://biographic.com/posts/sto/moonlight-gliders ざっくり言うと、「モモンガの滑空ってあんまり制御してないっぽいイメージだったけど、すげーしてるよ!前縁フラップ・ウィングレット・VGが全部載せですごいし、さらに翼面を波打たせて揚…

【本読み】『そして恐竜は鳥になった』

これもとりあえず公開しちゃう。 対象の本 土屋健(著)、小林快次(監修)『そして恐竜は鳥になった』、誠文堂新光社、2013. ISBN 978-4-416-11365-3. 公式: 株式会社誠文堂新光社 / そして恐竜は鳥になった 書評: 土屋健『そして恐竜は鳥になった』(小…

【本読み】『凹凸形の殻に隠された謎』

内容が忘却の彼方に行きそうなので、ここで一旦公開する。 対象の本 椎野勇太『凹凸形の殻に隠された謎 腕足動物の化石探訪(シリーズ:フィールドの生物学)』、東海大学出版部(発行当時は「東海大学出版会」かも)、2013. ISBN 978-4-486-01849-0 公式: …

【論文読み】世界一大きな(重い)ハチドリのエネルギ消費は他のハチドリのスケーリングから外れてはいない

対象論文 Fernández, M. J., Dudley, R. & Bozinovic, F. 2011 Comparative energetics of the giant hummingbird (Patagona gigas). Physiol. Biochem. Zool. 84, 333–340. (doi:10.1086/660084) 概要 対象動物 giant hummingbird(オオハチドリ、学名 Pat…

【論文読み】The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages

だいたい書けたけどまとまらない… 対象 McHenry, M. J., Anderson, P. S. L., Van Wassenbergh, S., Matthews, D. G., Summers, A. P. & Patek, S. N. 2016 The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages. J. Exp. Biol. 219, 3…

【論文読み】翅が摩耗して短くなったマルハナバチは機動性(加速度)が少し低下する。これにより死亡率が増加するのかもしれない

基本情報 Mountcastle, A. M., Alexander, T. M., Switzer, C. M. & Combes, S. A. 2016 Wing wear reduces bumblebee flight performance in a dynamic obstacle course. Biol. Lett. 12, 20160294. (doi:10.1098/rsbl.2016.0294)を読んだのでメモ、コメン…

【論文読み】ショウジョウバエの翼平面形は機動性に最適化されてはいない

論文内容まとめ 対象 Ray, R. P., Nakata, T., Henningsson, P. & Bomphrey, R. J. 2016 Enhanced flight performance by genetic manipulation of wing shape in Drosophila. Nat. Commun. 7, 10851. (doi:10.1038/ncomms10851) オープンアクセスなので誰で…

「ハチドリは一秒間に80回も羽ばたく」は本当か → たぶん本当だけど一般的な速さではなく、上限付近

ちょくちょく出典なしで出てくる表現なので、気になったので調べてる。まだ途中だけどたぶんいまメモっとかないと永遠に書かないので書いとく。 羽ばたき回数の計測例 自分の Mendeley に入ってた論文のうち、ハチドリの「ホバリング(前進速度0)」について…

羽ばたきとプロペラは「同じ推進原理」か

イントロ こういうのを見た: こうして生き物の翼が描く軌跡を三次元的に視覚化してみると、羽ばたきもプロペラも実は同じ推進原理として理解できますね。 http://t.co/6rGpHAYyyK http://t.co/Aeu4WauV3b — 山中俊治 Shunji Yamanaka (@Yam_eye) 2014, 10月…

作業メモ:Phantom -> DippMotionで昆虫の模様から位置情報取得

Phantom でのキャプチャ設定画像処理 下の方にある Image processing ボタンから。gamma が最初1.41になっていることに注意。Set default を押すと 1.0 になる。フィルタは、元画像をそのまま見るなら Sharpness を、輪郭を抽出するなら Edge Hipass 3x3 か …

Convergent evolution in locomotory patterns of flying and swimming animals

Gleiss et al. (2011) Convergent evolution in locomotory patterns of flying and swimming animals, Nat. Commun., 2, Article number: 352. doi:10.1038/ncomms1350てのが出てた。著者一人も知らない。たぶん遊泳屋さんなんだろう。本文読めないのでなん…

ポスタリベンジ

前の学会のポスタの出来が酷かったので今回はリベンジ。そぎ落としてそぎ落として、「ちょっと少なすぎるかなぁ?」くらいでちょうどいい。ポスタは「読む」ものじゃないね。あと前回はしゃべりの練習がゼロだったのがやばかった。他の人のを見ていて痛感し…

KAISTの院生(ドクタ)からメールが来た

こないだ共著で出した論文を「読んだよ」はわかるとして、まさかの「nature's flyers(前にメインで書いてたブログ http://naturesflyers.blogspot.com/ )をgoogle translateして読んだよ」。あれを読む人なんていないだろうからもう消そうかと思ってたけど…

Reynolds number (Re) の定義

DNSで出てくるReは「摩擦Reynolds数」や「運動量厚さに基づくReynolds数」であって、普通の世界で使う「バルクReynolds数」とは区別する(確認)。[PDF] http://www.nagare.or.jp/download/noauth.html?dd=assets/files/download/noauth/nagare/29-2/29-2tok…

LEV on a penguin flipper?

ペンギンの本 [amazon.co.jp] を読んでてフリッパー上に LEV (leading edge vortex, 前縁渦) あんのかなぁ?と思っていたら、やっぱ研究してる人たちがいたhttp://meetings.aps.org/Meeting/DFD10/Event/132842実際のペンギンのフリッパーの kinematics で r…

昆虫は理論的も飛べる

昆虫の空気力発生メカニズムについて日本語で簡単に説明する予定 ホバリング時の昆虫の翅に生じる空気力を、固定翼に適用されるような定常ないし準定常空気力学理論により予測すると、その鉛直上向き成分は、自重に満たない実際には翅は羽ばたきを行なってお…

論文練り直し

先日、先輩と話しあってストーリを練り直した。ヨーロッパに行ってしまった先生にもメールで報告済み。1つのポイントにフォーカスしすぎていたのを、「2つのポイントを比較して、どちらの影響がより大きいか」と変える。計算はめいっぱい投入したので結果が…

論文ができつつある

ひたすら書いてる。「書く」とは言うけど、図の作成が大きなウェイトを占める。しかしふと思ったのだけれど、ITmediaやらマイコミジャーナルやらに技術系記事を大量に投稿しているようなライターの方々と組んだら説得力のある論文が書けるんじゃないだろうか…

SugarSync を upgrade した

論文を書いていてデータを放りこみまくっていたら、5GBの容量が限界になったので、30 GB のコースをお試し。30日間は無料というかやめられるみたいだ。

JEB に Word 2007 と数式エディタについて問い合わせた

結論だけ先に:Word 2007 で JEB (J. Exp. Biol.) に paper を書くなら、新しい Equation Editor を使ってOK - 下のエントリを書いてから再度 http://jeb.biologists.org/site/author/manuscript_preparation.xhtml#maths を読み返したら、MathType を使えと…

Word 2007 で 3x3 を超える行列・数式に式番号

微妙なところだがたぶん Word 2007 で大丈夫だろうということで 2007 で JEB paper を書いている。2007 の数式は前に試したことがあり、概ね TeX に近いことは知っていたけれど、問題が二つ。問題1. 3x3 よりも大きなサイズの行列を書けない。これは、直接 T…

論文執筆中

来月の国際会議用に2月に書いた paper を元にして書こうとしてるんだけど時制とか表現がひどすぎて凹む。なんだこれ…

バッチで画像処理

翅の変形の再現など、飛翔体の特徴点を追うために、画像をトラッキングソフトウェア(たとえば DIPP MOTION)にかけるわけだけれど、その画像としては赤外の白黒やグレースケールだったりするわけで、撮ったままだとピンぼけとかで特徴点が見づらいことがあ…

JEB manuscript prep

少し新しくなったみたいなので見直す。http://jeb.biologists.org/site/author/manuscript_preparation.xhtml Supply a short title of not more than 40 characters 40 wordsの間違いだよな… please save documents as Word 97-2003 format ... Please subm…

『乱流のシミュレーション』

こないだ図書館で借りたのを忘れていた。前半の、LESの解説以前の各種モデルに入る前の部分が為になりそうなので借りた。今からサラッと読む。ところでこれ、ILESの話は全く出ていなそう。やっぱ LES community からは黙殺っつーかシカトされてんのか・・・?

論文を書き始めた。3本。

なんか気づいたら自然とそれくらいのネタが手元にあった。ので、とりあえずタイトルと共著者、apply したい journals を考えてみた。ありがたく面白いことに、全部がそもそもは研究室の仲間がアサインされたテーマ。どうやら僕はひとりだけでガーっと行くよ…

turbulent + immersed boundary で FSI

調べ中。スペック的には implicit LES (ILES) + immersed boundary がよさそうなんだけど…USC Aerospace & Mech Eng やばいな。 http://ae-www.usc.edu/research/fluid_mechanics/turbulence.shtml Lissaman, Maxworthy, Spedding は生物飛行絡みで知ってた…