dynamicsoar's log

主に研究関係のメモ

research

Quarto導入メモ (w/ VS Code & Anaconda)

環境 Windows 10(mac でも似ていた) VS Code Anaconda 3 Quarto Quarto? 公式: Quarto Markdown を Pandoc で HTML, PDF, jupyter notebook, reveal.js(HTML/CSS利用のプレゼン用スライド)などへ変換できるらしい。他にも似たようなのは色々あるわけだ…

Grasshopper を使い始めた

これまで Rhino, Python script と使ってきたけど、Grasshopper でパラメトリック・モデリングができることに最近気づいてしまった(というかそのためにあるようなもんだった)ので、使い始めた。もっと早く使っておくのだった。D論があと1年は早く出せたの…

ORS Dragonfly 4.1: "Keep same geometry" crops your slices (Z-direction) as well as XY, so be careful

In ORS Dragonfly Image Loader, there's an option Import another dataset… which is useful if you need to load more than 1 dataset with different settings, e.g., different cropping. If you do that, the cropping ROI is reset every time. Somet…

manoeuvrability and agility

Manoeuvrability(機動性?) 旋回性能を意味することが多そう。天体で言うと「公転」の方。 おそらく大きく2つに分けられる:旋回半径と旋回率。さらに旋回率は維持旋回率と瞬時旋回率に分けられる、と思われる。 Walker (2000) では先行研究を取り上げて旋…

run Fluent, export .cas and .dat, and compress them after computation (on Linux)

I could not find the way to specify the auto-save .cas & .dat files in the format of .cas.gz & .dat.gz, and I gave up to compress them using the journal file. Instead, I decided to compress them in the script file after the computation, if…

micro CT settings memo

I'm using SkyScan 1172. According to one of the Bruker's manual named "SkyScan 1172 How to set up a scan?", for 4K camera mode with No Filter, Voltage = 40--50 kV: but it turned out this resulted in some star-like ray noises. As per the su…

シェルスクリプトで「カレントディレクトリ以下全てを検索してマッチするファイルを圧縮」「圧縮形式をgzipからxz(など)に変更」

まえがき 数値計算結果など、大量のファイルを自動的に逐次圧縮したい、ということが自分はよくある。しかもそれらが複数のディレクトリにまたがっていて、「エクスプローラから右クリック」なんていちいちやっていられない、自動化したい、ということもよく…

動物飛行の安定性や制御に関係する研究をいくつか紹介してみる(後編=文献紹介)

Books(本) 動物飛行かつ制御に特化した本はなさそう。制御の本としては、航空系のものが参照されている事が多いので、省略。 動物の飛行(主に力学) 動物飛行の入門書としては、David E. Alexander によるものが3冊出ていて、僕は最初の1冊目 Nature's Fl…

あるイギリスの大学へのポスドク就活の例

少し前に、海外にいる研究者が日本の大学に応募する場合の苦労という話があった: lambtani.hatenablog.jp 最近、イギリスの大学にポスドクで行くことが決まったので、逆に日本から海外のポスドクに応募する場合はどうなのかという一例を参考までに書いてみ…

Tsubame 3.0 での ANSYS 並列計算ライセンスの消費のされかた

ANSYS には、1つアプリを起動するたびに消費するライセンスと、並列計算したときに特定の条件で消費するライセンスとの2つがある。前者はライセンスが余って無いとそもそも起動すらできないので省略。後者について。特定の条件とは、「ジョブごとに16を超え…

Caffe (with CUDA 8, cuDNN 5.1) を Windows 10 Pro 64bit で build して matcaffe のデモを走らせる(2017-11時点)

環境 Windows 10 Professional, 64 bit. Fall Creators Update 適用済み。GPU は GeForce GTX 1060. Matlab は現時点で最新の R2017b と、諸事情により必要なかなり古い R2014a の両方でデモコードの実行に成功した。なので、これらの間のバージョンならどれ…

シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」のメモ

前置き 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 :: 日本甲殻類学会 に行ったので、メモ。 シャコパンチ これを聴きたくて(というか加賀谷さんに会い…

Docker で jupyter notebook から Caffe を試した

前提 Caffe を試したくなったが環境構築に苦労したのでメモ。 ハード: MacBook Pro 13in retina (late 2013) OS: OS X El Capitan なので CPU モードしか試していない。 最初はふつうにビルドしようとしたのだが、依存関係が多すぎたり、python 2 なのか 3 …

journal file を使った CUI での Fluent の実行について

前置き マニュアルとしては、ANSYS Fluent Text Command List というものがある。あるが、辞書のようにコマンドが羅列されているだけで、実際の書き方がわからない。ひどいことに、Fluent の他のマニュアルを見てもごくごく簡単な例(単なる solve/iterate 1…

論文の英文校閲サービスで直されたもの

初めて論文原稿の英文校閲サービスを使ってみた。このようなものが直されたよ、というのを共有するのはそれなりに有益と考えるので列挙してみる。 何か質問があればここか twitter の @dynamicsoar にきいてくれれば答えます。 前提 英文校閲サービスは Amer…

モモンガ (flying squirrel) の飛行に関する記事への感想

ソースと概要 http://biographic.com/posts/sto/moonlight-gliders ざっくり言うと、「モモンガの滑空ってあんまり制御してないっぽいイメージだったけど、すげーしてるよ!前縁フラップ・ウィングレット・VGが全部載せですごいし、さらに翼面を波打たせて揚…

【本読み】『そして恐竜は鳥になった』

これもとりあえず公開しちゃう。 対象の本 土屋健(著)、小林快次(監修)『そして恐竜は鳥になった』、誠文堂新光社、2013. ISBN 978-4-416-11365-3. 公式: 株式会社誠文堂新光社 / そして恐竜は鳥になった 書評: 土屋健『そして恐竜は鳥になった』(小…

【本読み】『凹凸形の殻に隠された謎』

内容が忘却の彼方に行きそうなので、ここで一旦公開する。 対象の本 椎野勇太『凹凸形の殻に隠された謎 腕足動物の化石探訪(シリーズ:フィールドの生物学)』、東海大学出版部(発行当時は「東海大学出版会」かも)、2013. ISBN 978-4-486-01849-0 公式: …

【論文読み】世界一大きな(重い)ハチドリのエネルギ消費は他のハチドリのスケーリングから外れてはいない

対象論文 Fernández, M. J., Dudley, R. & Bozinovic, F. 2011 Comparative energetics of the giant hummingbird (Patagona gigas). Physiol. Biochem. Zool. 84, 333–340. (doi:10.1086/660084) 概要 対象動物 giant hummingbird(オオハチドリ、学名 Pat…

【論文読み】The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages

だいたい書けたけどまとまらない… 対象 McHenry, M. J., Anderson, P. S. L., Van Wassenbergh, S., Matthews, D. G., Summers, A. P. & Patek, S. N. 2016 The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages. J. Exp. Biol. 219, 3…

【論文読み】翅が摩耗して短くなったマルハナバチは機動性(加速度)が少し低下する。これにより死亡率が増加するのかもしれない

基本情報 Mountcastle, A. M., Alexander, T. M., Switzer, C. M. & Combes, S. A. 2016 Wing wear reduces bumblebee flight performance in a dynamic obstacle course. Biol. Lett. 12, 20160294. (doi:10.1098/rsbl.2016.0294)を読んだのでメモ、コメン…

【論文読み】ショウジョウバエの翼平面形は機動性に最適化されてはいない

論文内容まとめ 対象 Ray, R. P., Nakata, T., Henningsson, P. & Bomphrey, R. J. 2016 Enhanced flight performance by genetic manipulation of wing shape in Drosophila. Nat. Commun. 7, 10851. (doi:10.1038/ncomms10851) オープンアクセスなので誰で…

「ハチドリは一秒間に80回も羽ばたく」は本当か → たぶん本当だけど一般的な速さではなく、上限付近

ちょくちょく出典なしで出てくる表現なので、気になったので調べてる。まだ途中だけどたぶんいまメモっとかないと永遠に書かないので書いとく。 羽ばたき回数の計測例 自分の Mendeley に入ってた論文のうち、ハチドリの「ホバリング(前進速度0)」について…

羽ばたきとプロペラは「同じ推進原理」か

イントロ こういうのを見た: こうして生き物の翼が描く軌跡を三次元的に視覚化してみると、羽ばたきもプロペラも実は同じ推進原理として理解できますね。 http://t.co/6rGpHAYyyK http://t.co/Aeu4WauV3b — 山中俊治 Shunji Yamanaka (@Yam_eye) 2014, 10月…

作業メモ:Phantom -> DippMotionで昆虫の模様から位置情報取得

Phantom でのキャプチャ設定画像処理 下の方にある Image processing ボタンから。gamma が最初1.41になっていることに注意。Set default を押すと 1.0 になる。フィルタは、元画像をそのまま見るなら Sharpness を、輪郭を抽出するなら Edge Hipass 3x3 か …

Convergent evolution in locomotory patterns of flying and swimming animals

Gleiss et al. (2011) Convergent evolution in locomotory patterns of flying and swimming animals, Nat. Commun., 2, Article number: 352. doi:10.1038/ncomms1350てのが出てた。著者一人も知らない。たぶん遊泳屋さんなんだろう。本文読めないのでなん…

ポスタリベンジ

前の学会のポスタの出来が酷かったので今回はリベンジ。そぎ落としてそぎ落として、「ちょっと少なすぎるかなぁ?」くらいでちょうどいい。ポスタは「読む」ものじゃないね。あと前回はしゃべりの練習がゼロだったのがやばかった。他の人のを見ていて痛感し…

KAISTの院生(ドクタ)からメールが来た

こないだ共著で出した論文を「読んだよ」はわかるとして、まさかの「nature's flyers(前にメインで書いてたブログ http://naturesflyers.blogspot.com/ )をgoogle translateして読んだよ」。あれを読む人なんていないだろうからもう消そうかと思ってたけど…

Reynolds number (Re) の定義

DNSで出てくるReは「摩擦Reynolds数」や「運動量厚さに基づくReynolds数」であって、普通の世界で使う「バルクReynolds数」とは区別する(確認)。[PDF] http://www.nagare.or.jp/download/noauth.html?dd=assets/files/download/noauth/nagare/29-2/29-2tok…

LEV on a penguin flipper?

ペンギンの本 [amazon.co.jp] を読んでてフリッパー上に LEV (leading edge vortex, 前縁渦) あんのかなぁ?と思っていたら、やっぱ研究してる人たちがいたhttp://meetings.aps.org/Meeting/DFD10/Event/132842実際のペンギンのフリッパーの kinematics で r…