dynamicsoar's log

主に研究関係のメモ

2017-01-01から1年間の記事一覧

Tsubame 3.0 での ANSYS 並列計算ライセンスの消費のされかた

ANSYS には、1つアプリを起動するたびに消費するライセンスと、並列計算したときに特定の条件で消費するライセンスとの2つがある。前者はライセンスが余って無いとそもそも起動すらできないので省略。後者について。特定の条件とは、「ジョブごとに16を超え…

Fluent 18.1 で、定常RANS で予備計算 → LES で本番計算

だいぶ古いなーこれ…(2019-02-27) 定常 RANS の計算を普通にやる。ここでは(Workbench ではなく)スパコンでやったとする。ある程度収束した時点での .cas[.gz] と .dat[.gz] を保存しておく。 Workbench に、新しい Fluent モジュールをドロップして起動…

Tsubame 3.0 に win 10 の cygwin から ssh でログイン

学生さんがトラブっていて、自分もちょっと忘れていたので、忘れてもいいようにメモ。 Cygwin ではどうやらデフォでは OpenSSH が入っていないようなので(?)、setup-x86_64.exe を叩いて ssh で検索して openssh を入れる。 たしか ssh-keygen かなんかの…

ANSYSメモ:CFD-Postで連番 data files を読み込ませるには

たぶんマニュアルに書いてあるだろうけど、ヒューリスティックに発見してしまったのでメモ。 連番の data files をまとめて認識してほしいとき、ファイル名を下記のようにリネームして、Load Results から .cas.gz を読めば良い: case file foo.cas.gz のよ…

Caffe (with CUDA 8, cuDNN 5.1) を Windows 10 Pro 64bit で build して matcaffe のデモを走らせる(2017-11時点)

環境 Windows 10 Professional, 64 bit. Fall Creators Update 適用済み。GPU は GeForce GTX 1060. Matlab は現時点で最新の R2017b と、諸事情により必要なかなり古い R2014a の両方でデモコードの実行に成功した。なので、これらの間のバージョンならどれ…

シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」のメモ

前置き 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 :: 日本甲殻類学会 に行ったので、メモ。 シャコパンチ これを聴きたくて(というか加賀谷さんに会い…

Fluentメモ:periodic boundary condition の offset には符号がある

Periodic だからどっちからどっちでもいいじゃん、と思っていたんだけど、そうではなかったという話。周期境界は、Mesh interface で設定する。このとき、デフォルトだと offset 量は自動計算される。たとえば、2つの境界が y=0 と y=1 にあった場合、offset…

メモ:Fluent case & data files --> EnSight format --> read in ParaView

前置き ハマったところを中心にメモ。 状況としては、既に結果ファイルの cas & dat (時系列データ)があるが ParaView で開きたい、そしてどうやら EnSight 形式じゃないとまともに読めないっぽい、なんとかしたい、という感じ。 環境 Windows 10, 64 bit …

Docker で jupyter notebook から Caffe を試した

前提 Caffe を試したくなったが環境構築に苦労したのでメモ。 ハード: MacBook Pro 13in retina (late 2013) OS: OS X El Capitan なので CPU モードしか試していない。 最初はふつうにビルドしようとしたのだが、依存関係が多すぎたり、python 2 なのか 3 …

読んだ:A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest

論文の情報 Hirt, M. R., Jetz, W., Rall, B. C. & Brose, U. (2017) A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest. Nature Ecology & Evolution 306, 266. (doi:10.1038/s41559-017-0241-4) 追記:この論文自体は open acce…

How to compile and load Fluent UDF on Linux

Corrections to the UDF manual (version 18.1) Due to the following typographical errors, you cannot make the UDF. So you need to fix these: Page 341-341: the path “path/ansys_inc/v181/fluent/fluent18.1.0/src/” is inccorect. In reality, it s…

読んだ本:『すごい進化』

基本情報 タイトル:すごい進化 著者:鈴木紀之 ISBN: 978-4-12-102433-6 出版社ページ:http://www.chuko.co.jp/shinsho/2017/05/102433.html いつもどおり(?)、shorebird さんのもっとちゃんとした書評はこちら→ http://d.hatena.ne.jp/shorebird/20170…

journal file を使った CUI での Fluent の実行について

前置き マニュアルとしては、ANSYS Fluent Text Command List というものがある。あるが、辞書のようにコマンドが羅列されているだけで、実際の書き方がわからない。ひどいことに、Fluent の他のマニュアルを見てもごくごく簡単な例(単なる solve/iterate 1…

atom のキーバインディングを Notepad++ (Npp) に近づける

前置き Win と Mac でデフォルト自体が結構違うのでその都度どっちかを示していく方向で。適宜追加予定。 基本的な方法 Settings > Keybindings にある your keymap file という文字列をクリックすると keymap.cson というファイルが出てくるのでこれを編集…

読んだ本の感想:『植物の形には意味がある』

本の情報 タイトル: 植物の形には意味がある 出版年: 2016年 著者: 園池公毅 (researchmap, web site) ISBN: 978-4-86064-470-3 出版社へのリンク: 植物の形には意味がある|書籍案内|ベレ出版 全体を通しての感想 縦書きソフトカヴァの一般向け図書。…

論文の英文校閲サービスで直されたもの

初めて論文原稿の英文校閲サービスを使ってみた。このようなものが直されたよ、というのを共有するのはそれなりに有益と考えるので列挙してみる。 何か質問があればここか twitter の @dynamicsoar にきいてくれれば答えます。 前提 英文校閲サービスは Amer…

Changing the font sizes in ANSYS Fluent (for high DPI display)

Solution Assuming the version is 17.2, navigate to: C:\Program Files\ANSYS Inc\v172\fluent\fluent17.2.0\cortex\resources and open cxdisplay.qss with a text editor (e.g. Atom, Notepad++, or whatever). You may need the Admin right (I did). I…

オフラインで iTunes を起動して音楽を聴くと曲が変わるたびにポップアップ出て死ぬほどうざい→オンライン中に起動しておく

タイトルの通り。一応環境: El Capitan, MBP 13-inch Late 2013. https://discussions.apple.com/thread/7127579 ← ここで pranab127 氏が言っていたのがタイトルの workaround. オフライン状態でうっかり iTunes 閉じたり、mac を再起動したら詰むので、解…