dynamicsoar's log

主に研究関係のメモ

Papers 3 (legacy) から Zotero 5 へ移行中なのでメモ

まえがき なぜ移行するか いろいろな理由がある。 Papers 3 がかなり不安定になっていた Mac だけで完結といえば聞こえは良いがその mac が死んだら論文が読めなくなる(ほぼ書けなくもなる)、というのが嫌だった。 切実な問題として、macbook pro のバッテ…

ParaView 5.6 以降で Plot3D の function file を読むには .q file も読む必要がある、というバグ

discourse.paraview.org 現状、version 5.5.2 以下を使うのが手っ取り早い。あるいはダミーの .q file を用意するか。 実は自分も昔 FIELDVIEW を使っていた頃には中身のほぼ全部がダミーの .q file を作っていた*1。ダミーでないのは時刻や Mach, alpha な…

Rhino で自分だけの tab(ツールバー)を作る

もともとは複数の tabs にまたがる、よく使うボタンだけをまとめておくと、作業効率がとても上がる。まぁブログ記事書くほどのことではないかもしれないけど… タブのあたりを右クリックして New Tab. これで新しい tab(ツールバー)ができる。 既存のタブか…

Steve Jobs による「コンピュータは自分にとっての自転車みたいなもの」スピーチの出典は Vance Tucker の論文

イントロ いつものように Researchat.fm を聴いていた。第30回 30. Battle Aura | Researchat.fm の開始10分程度で、この Steve Jobs による「コンピュータは自分にとって自転車みたいなもので、これがあることでヒトはぐっと enhance されるんだ」みたいな…

Dragonfly 4.1 (CT segmentation software) で ROI を使って部位を取り除く

Help の ROI Properties and Settings には、 ROI highlighted in clipped rendering (left), ROI extracted by increasing the ROI opacity and decreasing the opacity of the dataset (middle), ROI subtracted by setting the ROI opacity to 0 and Data…

Dell Precision 5820 に m.2 NVMe SSD をインストールするには(2019-10現在)

まえがき 結局面倒すぎるので諦めたんだけど、調べたので一応メモしておく。 日本語でいいならこのPDFがめちゃくちゃわかりやすい: https://i.dell.com/sites/csdocuments/Merchandizing_Docs/ja/dell_precision_expansionguide_2019june.pdf 英語はこのペ…

Export time series of STL files (for mesh, Q-isosurface) in ANSYS CFD-Post by script (playing session file)

Overview I'm still learning, but it seems that basically what you need to do for writing a script for CFD-Post are: Record the session Modify the session file (e.g., adding the for loop) Play the modified session file So I did the recordin…

論文読み: Thermodynamics of the bladderwort feeding strike—suction power from elastic energy storage

概要 論文 Thermodynamics of the bladderwort feeding strike—suction power from elastic energy storage | Integrative and Comparative Biology | Oxford Academic 発端など タヌキモの捕虫運動の熱力学的な解析らしいのだけど、分野違い過ぎて要約を読…

Rhinoceors 3D: Python script で「表示中のすべてのオブジェクトそれぞれに対してコマンドを実行」する

環境 Rhino 6 on Windows 10 Pro/Enterprise. だけど PythonScript は Mac でも動くらしい(RhinoScript は Win でしか動かないらしい)。 解きたい問題 現在画面に表示させているすべてのオブジェクト(今の場合は球だった)の体積中心に点を打ちたい、とい…

AutoDesk で middle drag(= pan)を rotation に変え、Ctrl+middle drag を pan にアサインする(X-Mouse Button Control利用)

概要 環境は Win 10. AutoDesk Inventor を使い始めて、マウスの middle drag をデフォルトの pan でなく回転にしたかった。基本的には先人の知恵に習った: Fusion 360で右クリックで視点を回転させる方法 - 画力がないなら立体を作ればいい ただ、これだけ…

Fluent: VS Code で journal file の編集をする → Scheme の関連付けをする

journal file の拡張子をたとえば .jou などに統一しておいて、Scheme と関連付けすればよい。まずは Scheme の機能拡張を入れる(自分は適当に vscode-scheme を選んだ)。次に、settings.json に、 "files.associations": { "*.jou": "scheme" }, を追加す…

Fluent: journal file を複数に分割して include するには→ file/read-journal を使う

まえがき これ、できないと思いこんでたけど、よく見たら User's Guide に書いてあった。.set ファイルに頼らずに、なるべく journal file でやろうとすると、ファイルがどんどん長くなっていて、困っていたので、これができると非常に嬉しい。 方法 要は以…

UDF: cell thread に含まれる face thread にアクセスする

UDF において、ある cell thread tc(たとえば翼を含む空間)に含まれる face thread tf(たとえば翼表面)を求めるのに、次のようなことができた: begin_c_loop(c,tc); c_face_loop(c,tc,i) { if(C_FACE_THREAD(c,tc,i)==tf) { f=C_FACE(c,tc,i); f_node_l…

Fluent UDF: マクロ末尾の _M1 は「ひとつ前の時刻」の意味だった

UDF マニュアルより The _M1 suffix can be applied to some of the cell variable macros in Table 3.8: Macros for Cell Flow Variables Defined in mem.h or sg_mem.h (p. 262) to allow access to the value of the variable at the previous time step …

ペンギン遊泳・フリッパー関連の先行研究

論文リスト Kinematics of swimming of penguins at the Detroit Zoo (1979) The energetics of 'flying' and 'paddling' in water: locomotion in penguins and ducks (1985) Penguin Swimming. I. Hydrodynamics (1988) Penguin Swimming. II. Energetics …

Fluent UDF: CURRENT_TIME はコール時点の現在時刻を示すが、DEFINE_GRID_MOTION の引数として渡される time は「メッシュ移動後の時刻」を示している(ぽい)

タイトルのとおり。まだ確証はないんだけどテストした結果おそらくこれ。確かに各時刻でメッシュ移動は流れ計算より先に行われるので、「流れ場にとっての時刻」はメッシュ移動「後」になる、と思えば理屈はわかる。しかしいつものとおりマニュアルでこのへ…

Fluent UDF: NODE_POS_UPDATED で付与された MOVED フラグは NODE_POS_MOVABLE コマンドでリセットできる

問題編 DEFINE_GRID_MOTION を使って板とかを曲げたりしたいとき、メッシュ内の各 node は複数の face にまたがっている可能性があるので、UDF マニュアルのサンプルにあるように、 #include "udf.h" DEFINE_GRID_MOTION(my_dyn_mesh, domain, dt, time, dti…

Fluent で dynamic mesh の motion preview を TUI (journal) からやるには → solve/mesh-motion

タイトルで完結。コマンド名に preview って入ってないから TUI マニュアルで検索かけても出てこない…

ANSYS Meshing と Fluent (or Fluent Meshing) の表示する maximum skewness や minimum orthogonal quality が微妙に違う(原因不明)

再現手順 ANSYS Meshing でメッシュを作成し、maximum skewness を確認する。今回は 0.944 くらいだった。まぁ < 0.95 だし、いけるかな、と。 Fluent 用に .msh を export する(Workbench で Update とするのと同じことだが、自分はこちらを好む)。 Fluen…

Matlab で複数のスペースで区切られたデータ (separated by more than one white space) を読み込む → textscan → と思ったが importdata でいいか

Reading in ascii files with white space as delimiter. - MATLAB Answers - MATLAB Central にあった。というかもちろん公式ヘルプもある→ Read formatted data from text file or string - MATLAB textscan - MathWorks United Kingdom。けど、これの存在…

git completion (for bash) & prompt を入れる

git/contrib/completion at master · git/git · GitHub ここにある。やるべきことはスクリプト内に全部書いてあるが、一応自分用にメモ。 git-completion.bash と git-prompt.sh をそれぞれ .git-completion.bash と .git-prompt.sh の名前で ~/ に保存する…

ANSYS Fluent の autosave 間隔 n は「計算開始(再開)時点から n ステップごと」ではなく「現在ステップ/n が割り切れたら出力」の仕様っぽい

たとえば、非定常計算で、 ;; Autosave Every (time step) file/auto-save/data-frequency 10 solve/set/time-step 0.02 solve/dual-time-iterate 50 30 として 1 s まで計算したとする。こうすると、タイムステップが 10, 20, 30, 40, 50 のときに autosave…

Office Lens で OneDrive へのアップロードが不能に → Office Lens に加えて OneNote, SharePoint からも sign out したら直った

タイトルの通り。 具体的な症状としては、My Files 内の画像アイコンが "Unable to Upload" となっていた。Retry ボタンを押すとすぐに大学の Office 365 の sign in 画面へ飛ばされ、正しい情報を入力しても Office Lens に戻されて、何も起きない、という…

Fluent の SRS (e.g. LES) で入口境界の Vortex Method に 1000 を超える渦を与えたい → scheme コマンドが必要

LES などの SRS (scale-resolved simulation) を行う際、入口境界に変動を与えるための Fluctuating Velocity method として Vortex Method を使う場合、公式は資料で「最低でも入口の face 数の 1/4 以上の個数の渦を生成するように指定しろ」と言っている…

Fluent の TUI (journal) で Cell Zone Conditions の設定を変える (e.g. ELES) には → define/boundary-conditions/fluid にある

Fluent で、Cell Zone Conditions の設定を変えたいことがある。Mesh motion とか、embedded LES (ELES) とか。しかし TUI からこの設定を変える方法がなかなか見つからなかった。もうサポートに聞こうかな?と思ったところで見つけた。 define/boundary-con…

Fluent で、確実に gzip 圧縮されたデータを吐き出す → root-name に .gz を付ければいい

だいぶ前から悩んでいたこれだが、同僚に教えてもらった。まさかこんな方法とは…自分だけならずっと気づかなかった。ありがたい。 GUI の場合 Workbench から起動した Fluent ではそもそも root-name の記入欄がないので、GUI からは設定不能。TUI を使うし…

現在走ってるjobの終了を待って次のジョブを投入したい→tailを使う

普通に考えると wait かな、って思うんだけど、けっこう前に走らせたジョブがあって、という場合、 [pid] is not a child of this shell とか怒られてうまくいかない。いろいろググったところ、なんと tail を使えというお言葉が…: bash - WAIT for "any pr…

連番などのファイルを pbzip2 で圧縮して別のディレクトリに出力

前提 Cygwin の pbzip2(デフォルトだと入ってない) bash (なので、たぶん Linux でも同様にできるはず) サンプルコード $ for file in *.dat; do pbzip2 -m1000 -ck "${file}" > "/cygdrive/f/path_to_dir/${file}.bz2"; done & オプションは、-c はたぶ…

mintty (Cygwin) + tmux で、Ctrl-Tab, Ctrl-Shift-Tab で cycle windows する

Stack Overflow のエントリとか、いろいろ探したけど、結局 mintty 公式の wiki に書いてあった…: Add Ctrl+Tab for tmux section to Wiki · Issue #757 · mintty/mintty · GitHub https://github.com/mintty/mintty/wiki/Tips#using-ctrltab-to-switch-ses…

Measurement of time-varying kinematics of a dolphin in burst accelerating swimming

基本情報 Title: Measurement of time-varying kinematics of a dolphin in burst accelerating swimming URL/DOI: https:// doi.org/10.1371/journal.pone.0210860 内容のまとめ Introduciton イルカの遊泳は、巡航の速度計測はけっこうあったが、瞬間的な…