読んだ:A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest

論文の情報 Hirt, M. R., Jetz, W., Rall, B. C. & Brose, U. (2017) A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest. Nature Ecology & Evolution 306, 266. (doi:10.1038/s41559-017-0241-4) 追記:この論文自体は open acce…

How to compile and load Fluent UDF on Linux

Corrections to the UDF manual (version 18.1) Due to the following typographical errors, you cannot make the UDF. So you need to fix these: Page 341-341: the path “path/ansys_inc/v181/fluent/fluent18.1.0/src/” is inccorect. In reality, it s…

読んだ本:『すごい進化』

基本情報 タイトル:すごい進化 著者:鈴木紀之 ISBN: 978-4-12-102433-6 出版社ページ:http://www.chuko.co.jp/shinsho/2017/05/102433.html いつもどおり(?)、shorebird さんのもっとちゃんとした書評はこちら→ http://d.hatena.ne.jp/shorebird/20170…

journal file を使った CUI での Fluent の実行について

前置き マニュアルとしては、ANSYS Fluent Text Command List というものがある。あるが、辞書のようにコマンドが羅列されているだけで、実際の書き方がわからない。ひどいことに、Fluent の他のマニュアルを見てもごくごく簡単な例(単なる solve/iterate 1…

atom のキーバインディングを Notepad++ (Npp) に近づける

前置き Win と Mac でデフォルト自体が結構違うのでその都度どっちかを示していく方向で。適宜追加予定。 基本的な方法 Settings > Keybindings にある your keymap file という文字列をクリックすると keymap.cson というファイルが出てくるのでこれを編集…

読んだ本の感想:『植物の形には意味がある』

本の情報 タイトル: 植物の形には意味がある 出版年: 2016年 著者: 園池公毅 (researchmap, (web site](http://www.photosynthesis.jp/)) ISBN: 978-4-86064-470-3 出版社へのリンク: 植物の形には意味がある|書籍案内|ベレ出版 全体を通しての感想 縦…

論文の英文校閲サービスで直されたもの

初めて論文原稿の英文校閲サービスを使ってみた。このようなものが直されたよ、というのを共有するのはそれなりに有益と考えるので列挙してみる。 何か質問があればここか twitter の @dynamicsoar にきいてくれれば答えます。 前提 英文校閲サービスは Amer…

Changing the font sizes in ANSYS Fluent (for high DPI display)

Solution Assuming the version is 17.2, navigate to: C:\Program Files\ANSYS Inc\v172\fluent\fluent17.2.0\cortex\resources and open cxdisplay.qss with a text editor (e.g. Atom, Notepad++, or whatever). You may need the Admin right (I did). I…

オフラインで iTunes を起動して音楽を聴くと曲が変わるたびにポップアップ出て死ぬほどうざい→オンライン中に起動しておく

タイトルの通り。一応環境: El Capitan, MBP 13-inch Late 2013. https://discussions.apple.com/thread/7127579 ← ここで pranab127 氏が言っていたのがタイトルの workaround. オフライン状態でうっかり iTunes 閉じたり、mac を再起動したら詰むので、解…

モモンガ (flying squirrel) の飛行に関する記事への感想

ソースと概要 http://biographic.com/posts/sto/moonlight-gliders ざっくり言うと、「モモンガの滑空ってあんまり制御してないっぽいイメージだったけど、すげーしてるよ!前縁フラップ・ウィングレット・VGが全部載せですごいし、さらに翼面を波打たせて揚…

Symantec Endpoint Protection (SEP) のアプデができなくなった (behind proxy) → proxy 設定を default から customize に変えたらいけた

タイトルのとおりなのだが、手順をメモしておく。 環境 Win 10 Pro 64 bit 大学で behind proxy でネットに接続している 現象 なぜか1週間ほど前から LiveUpdate が失敗していた、ようだ。試しに Windows の設定で proxy を殺して VPN とかしてもダメだった…

Git と Atom 用、プロキシ環境(大学)と非プロキシ環境(自宅)を切り替える方法 (Mac OS X El Capitan)

This entry illustrates how to automatically switch proxy settings between "behind-proxy" environment and "no-proxy" environment for Git and Atom editor on Mac OS X El Capitan. ↑ いちおう検索用に… 前提 想定する環境 大学(プロキシ利用 behind…

【本読み】『そして恐竜は鳥になった』

これもとりあえず公開しちゃう。 対象の本 土屋健(著)、小林快次(監修)『そして恐竜は鳥になった』、誠文堂新光社、2013. ISBN 978-4-416-11365-3. 公式: 株式会社誠文堂新光社 / そして恐竜は鳥になった 書評: 土屋健『そして恐竜は鳥になった』(小…

【本読み】『凹凸形の殻に隠された謎』

内容が忘却の彼方に行きそうなので、ここで一旦公開する。 対象の本 椎野勇太『凹凸形の殻に隠された謎 腕足動物の化石探訪(シリーズ:フィールドの生物学)』、東海大学出版部(発行当時は「東海大学出版会」かも)、2013. ISBN 978-4-486-01849-0 公式: …

【論文読み】世界一大きな(重い)ハチドリのエネルギ消費は他のハチドリのスケーリングから外れてはいない

対象論文 Fernández, M. J., Dudley, R. & Bozinovic, F. 2011 Comparative energetics of the giant hummingbird (Patagona gigas). Physiol. Biochem. Zool. 84, 333–340. (doi:10.1086/660084) 概要 対象動物 giant hummingbird(オオハチドリ、学名 Pat…

Adobe Creative Cloud を某工大でインストールするには(Win 10)

ひとことで言うと: VPNしろ。 前提 前提として、プロキシの設定は次のようにしておけば良い: 設定を自動的に検出する → OFF セットアップ スクリプトを使う → OFF プロキシ サーバーを使う → ON. プロキシはいつものやつ。 次のエントリで<略>のところの…

【論文読み】The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages

だいたい書けたけどまとまらない… 対象 McHenry, M. J., Anderson, P. S. L., Van Wassenbergh, S., Matthews, D. G., Summers, A. P. & Patek, S. N. 2016 The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages. J. Exp. Biol. 219, 3…

pandas で各要素の有効数字を揃える(「小数点以下何桁」ではなく)

Introduction df.round(n) だと「小数点以下n桁」で四捨五入される丸められるだけで、有効数字を揃えたい場合はちょっと違う、ということがあった。 たとえば df という DataFrame の中身として 12.345 9.8760 があったとき、df.round(2) すると、 12.34 9.8…

mac (w/ Python 3 & PyQt5) で ocXgag

Introduction 鳥人間な制御屋さんが公開してくれた ocXgag という翼型の調整ソフトがちょっと面白そうだった: 失速特性を考慮した翼型設計ocXgag その1 背景 - A Plane On The Sand 失速特性を考慮した翼型設計ocXgag その2 公開と使い方 - A Plane On The …

1password extension for Chrome (on Mac) で 1password (for Mac) が見つからないやつ → プロキシが怪しい

もうちょっと具体的に言うと、ブラウザエクステンションをインストールしたあとで初めて Chrome 右上の 1password アイコンをクリックした時の話。すでに 1password for Mac をインストールしてあるのに、「見つかりません」とか言われる。説明文のバージョ…

【論文読み】翅が摩耗して短くなったマルハナバチは機動性(加速度)が少し低下する。これにより死亡率が増加するのかもしれない

基本情報 Mountcastle, A. M., Alexander, T. M., Switzer, C. M. & Combes, S. A. 2016 Wing wear reduces bumblebee flight performance in a dynamic obstacle course. Biol. Lett. 12, 20160294. (doi:10.1098/rsbl.2016.0294)を読んだのでメモ、コメン…

【論文読み】ショウジョウバエの翼平面形は機動性に最適化されてはいない

論文内容まとめ 対象 Ray, R. P., Nakata, T., Henningsson, P. & Bomphrey, R. J. 2016 Enhanced flight performance by genetic manipulation of wing shape in Drosophila. Nat. Commun. 7, 10851. (doi:10.1038/ncomms10851) オープンアクセスなので誰で…

fortran でよく使うコンパイラオプションのメモ

自分用。あとで書き足す リンク Debugging tools in Fortran Wiki Invoking GNU Fortran - The GNU Fortran Compiler gfortran 牛島先生本で紹介されていたのがキッカケで使い始めた g95 がわりと好きだったんだけど、だいぶ前から開発が止まってる(という…

FieldView(可視化ソフト)のライセンスマネージャ (flexlm) が落ちた時の対応 (Linux)

前のブログにも書いたんだけど、さっきまた遭遇したので、再掲しとく。 環境 x86_64 (64 bit) の CentOS. 他の場合は変わるかも。FV のバージョンはライセンスサーバごとに複数ある。 やること コマンドを2つ叩くだけ。セキュリティの設定次第かもしれないが…

atom メモ

随時追加するかも自分で設定したのかどうかもう忘れたけど、「いまカーソルがある位置の単語でいきなり検索」は cmd + F3 (mac).

TeXstudio メモ

随時追加予定 internal PDF viewer を分離した時 (Windowed Viewer にしたとき)、cmd+tab でエディタかビューアのどっちかにしかいけない 原因 cmd+tab は「アプリごと」の移動しかできないため。 解決策 Witch を使う。WindowFlow だと認識されない (Maveri…

pandas, matplotlib, seaborn でハマったところメモ

随時追加予定 ix するとき x 軸用のデータを忘れるな df から ix してそのまま .plot して ax に代入、としたいわけだが、このとき ix で選ぶ columns には x 軸となるものを含めないといけない!自分の場合は主に時間。具体的には、 ax = df.ix[:,["data_co…

Jupyter notebook (IPython notebook 4.x) で Notebook Extensions を使う(Anaconda利用)

まえがき Jupyter notebook で、各セル内のコードがだらーっと縦長になってしまった。 include のやりかたがよくわからんので(できるのかも含め)、とりあえず folding でごまかせないかな?と思ってググったところ、 Notebook Extensions というのを導入す…

TeXstudioで toggle comment/uncomment したい→マクロを使う

イントロ TeXstudio は、デフォルトではコメントアウトは cmd+T, アンコメントは cmd+U になっている Shortcuts > Menus > Idefix から確認可能。ただ、今見たら Default は ctrl+T, ctrl+U になっていて、Current に cmd+T, cmd+U が書かれている。もしかし…

Rodeo Desktop (v1.1.23) のインストール (on OS X Mavericks) でつまづいた

まえがき $ pip install rodeo で入って $ rodeo . で実行するやつは Rodeo Python というやつ(v0.4.4とかなんか)で、これはブラウザを使う Jupyter Notebook みたいなもののようだが、これと Rodeo Desktop は別物。わかりづらいかもだが github 参照:yh…

amazon cloud drive デスクトップアプリ (Win 7) で co.jp 以外のアカウントでサインインしたい→コンパネ>地域と言語>形式を日本以外にする

サマリ amazon cloud drive, com の方だと定額で容量無制限があると知り合いに聞いたので試してみようとしたが、デスクトップアプリを開くとなぜか「co.jp にサインインします」みたいな余計なことを勝手にされるし、com を選べなかった。その解決法。タイト…

Excel の Conditional Formatting(条件付き書式?)でキーワードにマッチした自動色塗り

まえがき たぶんエクセルの基本機能なんだろうけど、最近まで気づいてなかった割になかなか便利なのでメモしておく。 計算格子のリージョン管理 最初に使いたかったのは、計算 (CFD) に使ったグリッドを5つのリージョンに分けて、それぞれのリージョン番号ご…

pythonはじめました(今度こそ)

背景 どうもいつまでたっても python を覚える時間が取れない(取る気がない)なぁと思っていたが、ふと「そうだ、論文用の図を描くのに使ってみよう」と思い立った。グラフの作図、今まではずっと Excel → Powerpoint だった。一度だけ Excel → Adobe Illus…

連番ファイルを個別に xz で圧縮/解凍

natures flyers: コマンドライン (linux, cygwin) での個別ファイルのバッチ圧縮解凍 → xargs使う に書いたんだけどゴチャゴチャしてるので、必要な部分のみメモ。 前提 ファイル名は 00001.xyz, 00002.xyz, ... だったとする。 00001.q の場合は下記の .xyz…

du でサイズ順にソート

ググったらあったので自分用に僅かに変えてメモ。基本的には shell - duコマンドのサイズをわかりやすく表示してサイズ順にソートする - Qiita にあるとおり。 手元の Cygwin だとすんなりできたけど、別のPCの Cygwin には GNU coreutils が入ってなかった…

Fortran で、form="unformatted", access="stream" で wirte されたファイルを read する

前置き natures flyers: Fortran でのバイナリ (unformatted, binary) の扱いについてのメモ では write しか考えてなかった。なぜなら FIELDVIEW という可視化ソフトで読み込むことだけ考えてたので。でも今ちょっと、書きだしたデータを読み込んで処理した…

Fortranで出力したデータを、call system() とシェルスクリプトを使ってその場ですぐに xz で圧縮し、元データは削除する

まえがき 前にも書いたかもだけど忘れそうなのでメモしとく。まず Fortran 側で FV_00001.xyz, ...(グリッド)とか FV_00001.func, ...(流れ場)とか FV_00001.q, ...(時刻)といったファイルを出力している。これらは流れの可視化用のデータで、そのまま…

「ハチドリは一秒間に80回も羽ばたく」は本当か → たぶん本当だけど一般的な速さではなく、上限付近

ちょくちょく出典なしで出てくる表現なので、気になったので調べてる。まだ途中だけどたぶんいまメモっとかないと永遠に書かないので書いとく。 羽ばたき回数の計測例 自分の Mendeley に入ってた論文のうち、ハチドリの「ホバリング(前進速度0)」について…

Win 7 (Enterprise) が夜中に勝手にリスタートされてた → Group Policy で No auto-restart を Enabled してみた

今回だけならいいのだが、最近どうも頻繁すぎて、毎回フォルダとかアプリを色々立ち上げ直しになるので、困る。普段は Windows+L で画面ロックだけして帰宅するので。 環境は、Windows 7 Enterprise 64 bit. まず Event Viewer で Windows Logs > System 内…

resync Photo Stream on iPhoto (9.5.1) @ Mac OS X Mavericks

また iCloud の話。どうも iCloud ってのはなんかこう、dropbox や sugarsync に比べて同期で苦労することが多い気がするんだがなんとかならないのか。 症状 iPhone/iPad で撮った写真のうち、ランダムに(?)数枚が mac の iPhoto 内の Photo Stream に同…

iCloud sync between Clear for mac & for iPhone がやっとできた

Clear for mac が出てから、iCloud 経由での iPhone との同期 (iCloud sync) にずっと失敗していた*1。それが、さっきちょっと調べたらようやくできたのでメモしておく。 環境 Mac: MacBook Pro retina 13"; OS X 10.9.5 (Mavericks); Clear 1.1.3 iPhone: i…

パンクチュエーションはググれなかった

どうでもいいっちゃいい話だが、さっきふと、「昔のRPGでなんか『コマンド?』とかきいてくるやつあったなーなんだっけあれ」と思って「コマンド?」でググろうとしたが、できない。単に「コマンド」で検索されてしまう。 Punctuation, symbols & operators …

「勝手に翻訳」ってどうなんだろ

保護期間終了してたり、Public Domainだったり*1、CCなどでderivative OKなライセンスの場合はいいとしよう。そうでないコンテンツについて、勝手に翻訳して、ウェブに公表するという行為が、法的あるいはマナー的にどうなのか、前からちょっと気になってる…

羽ばたきとプロペラは「同じ推進原理」か

イントロ こういうのを見た: こうして生き物の翼が描く軌跡を三次元的に視覚化してみると、羽ばたきもプロペラも実は同じ推進原理として理解できますね。 http://t.co/6rGpHAYyyK http://t.co/Aeu4WauV3b — 山中俊治 Shunji Yamanaka (@Yam_eye) 2014, 10月…

はてなダイアリー → はてなブログに移行してみた

特に意味は無いんだけど、日本語で書くなら blogger よりこっちの方がいいのかと思って。というか単純に試してみたかっただけというのもある。

blogger へ戻る

なんかはてながはてなブログとか始めるみたいだし blogger も新しくなってたりであれなので blogger に戻るかな。コンテンツはそのうち移植する。http://naturesflyers.blogspot.com/

バイト再開

D4確定+RA打ち切りのコンボに伴い、M1からD1までやっていたバイトを再開した。給料・業務・職場環境いずれも申し分ない。正直、前にやめなきゃよかった……。やめた時点から今までの研究の進捗を思うと死にたくなる<死んでる暇あったら一行でも論文書けよクズ

コードの見直し(リファクタリング?)

機能追加に伴ってコードがゴチャゴチャしてきた。見づらいだけならいいが、さらなる機能追加が容易でなくなってきて、やばい。機能追加が容易なように改良する必要がある。「気象庁コーディングルール(ルビ:バイブル)」を再度見ている。 変数参照型モジュ…

restart方法の見直し

@yuuriiさんにだいぶ前に教わった方法に変更中。すなわち、計算は必ず load で始めて、計算開始か再開かの違いは load する file が「初期条件data」か「途中のdata」かの違いのみとする、ということ。擬似コード的に書くと、 if new game 変数をごちゃごち…

作業メモ:Phantom -> DippMotionで昆虫の模様から位置情報取得

Phantom でのキャプチャ設定画像処理 下の方にある Image processing ボタンから。gamma が最初1.41になっていることに注意。Set default を押すと 1.0 になる。フィルタは、元画像をそのまま見るなら Sharpness を、輪郭を抽出するなら Edge Hipass 3x3 か …