Caffe (with CUDA 8, cuDNN 5.1) を Windows 10 Pro 64bit で build して matcaffe のデモを走らせる(2017-11時点)

環境 Windows 10 Professional, 64 bit. Fall Creators Update 適用済み。GPU は GeForce GTX 1060. Matlab は現時点で最新の R2017b と、諸事情により必要なかなり古い R2014a の両方でデモコードの実行に成功した。なので、これらの間のバージョンならどれ…

シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」のメモ

前置き 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 日本甲殻類学会・日本貝類学会共催シンポジウム「捕食・被食と殻の役割」 :: 日本甲殻類学会 に行ったので、メモ。 シャコパンチ これを聴きたくて(というか加賀谷さんに会い…

Fluentメモ:periodic boundary condition の offset には符号がある

Periodic だからどっちからどっちでもいいじゃん、と思っていたんだけど、そうではなかったという話。周期境界は、Mesh interface で設定する。このとき、デフォルトだと offset 量は自動計算される。たとえば、2つの境界が y=0 と y=1 にあった場合、offset…

メモ:Fluent case & data files --> EnSight format --> read in ParaView

前置き ハマったところを中心にメモ。 状況としては、既に結果ファイルの cas & dat (時系列データ)があるが ParaView で開きたい、そしてどうやら EnSight 形式じゃないとまともに読めないっぽい、なんとかしたい、という感じ。 環境 Windows 10, 64 bit …

Docker で jupyter notebook から Caffe を試した

前提 Caffe を試したくなったが環境構築に苦労したのでメモ。 ハード: MacBook Pro 13in retina (late 2013) OS: OS X El Capitan なので CPU モードしか試していない。 最初はふつうにビルドしようとしたのだが、依存関係が多すぎたり、python 2 なのか 3 …

読んだ:A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest

論文の情報 Hirt, M. R., Jetz, W., Rall, B. C. & Brose, U. (2017) A general scaling law reveals why the largest animals are not the fastest. Nature Ecology & Evolution 306, 266. (doi:10.1038/s41559-017-0241-4) 追記:この論文自体は open acce…

How to compile and load Fluent UDF on Linux

Corrections to the UDF manual (version 18.1) Due to the following typographical errors, you cannot make the UDF. So you need to fix these: Page 341-341: the path “path/ansys_inc/v181/fluent/fluent18.1.0/src/” is inccorect. In reality, it s…

読んだ本:『すごい進化』

基本情報 タイトル:すごい進化 著者:鈴木紀之 ISBN: 978-4-12-102433-6 出版社ページ:http://www.chuko.co.jp/shinsho/2017/05/102433.html いつもどおり(?)、shorebird さんのもっとちゃんとした書評はこちら→ http://d.hatena.ne.jp/shorebird/20170…

journal file を使った CUI での Fluent の実行について

前置き マニュアルとしては、ANSYS Fluent Text Command List というものがある。あるが、辞書のようにコマンドが羅列されているだけで、実際の書き方がわからない。ひどいことに、Fluent の他のマニュアルを見てもごくごく簡単な例(単なる solve/iterate 1…

atom のキーバインディングを Notepad++ (Npp) に近づける

前置き Win と Mac でデフォルト自体が結構違うのでその都度どっちかを示していく方向で。適宜追加予定。 基本的な方法 Settings > Keybindings にある your keymap file という文字列をクリックすると keymap.cson というファイルが出てくるのでこれを編集…

読んだ本の感想:『植物の形には意味がある』

本の情報 タイトル: 植物の形には意味がある 出版年: 2016年 著者: 園池公毅 (researchmap, (web site](http://www.photosynthesis.jp/)) ISBN: 978-4-86064-470-3 出版社へのリンク: 植物の形には意味がある|書籍案内|ベレ出版 全体を通しての感想 縦…

論文の英文校閲サービスで直されたもの

初めて論文原稿の英文校閲サービスを使ってみた。このようなものが直されたよ、というのを共有するのはそれなりに有益と考えるので列挙してみる。 何か質問があればここか twitter の @dynamicsoar にきいてくれれば答えます。 前提 英文校閲サービスは Amer…

Changing the font sizes in ANSYS Fluent (for high DPI display)

Solution Assuming the version is 17.2, navigate to: C:\Program Files\ANSYS Inc\v172\fluent\fluent17.2.0\cortex\resources and open cxdisplay.qss with a text editor (e.g. Atom, Notepad++, or whatever). You may need the Admin right (I did). I…

オフラインで iTunes を起動して音楽を聴くと曲が変わるたびにポップアップ出て死ぬほどうざい→オンライン中に起動しておく

タイトルの通り。一応環境: El Capitan, MBP 13-inch Late 2013. https://discussions.apple.com/thread/7127579 ← ここで pranab127 氏が言っていたのがタイトルの workaround. オフライン状態でうっかり iTunes 閉じたり、mac を再起動したら詰むので、解…

モモンガ (flying squirrel) の飛行に関する記事への感想

ソースと概要 http://biographic.com/posts/sto/moonlight-gliders ざっくり言うと、「モモンガの滑空ってあんまり制御してないっぽいイメージだったけど、すげーしてるよ!前縁フラップ・ウィングレット・VGが全部載せですごいし、さらに翼面を波打たせて揚…

Symantec Endpoint Protection (SEP) のアプデができなくなった (behind proxy) → proxy 設定を default から customize に変えたらいけた

タイトルのとおりなのだが、手順をメモしておく。 環境 Win 10 Pro 64 bit 大学で behind proxy でネットに接続している 現象 なぜか1週間ほど前から LiveUpdate が失敗していた、ようだ。試しに Windows の設定で proxy を殺して VPN とかしてもダメだった…

Git と Atom 用、プロキシ環境(大学)と非プロキシ環境(自宅)を切り替える方法 (Mac OS X El Capitan)

This entry illustrates how to automatically switch proxy settings between "behind-proxy" environment and "no-proxy" environment for Git and Atom editor on Mac OS X El Capitan. ↑ いちおう検索用に… 前提 想定する環境 大学(プロキシ利用 behind…

【本読み】『そして恐竜は鳥になった』

これもとりあえず公開しちゃう。 対象の本 土屋健(著)、小林快次(監修)『そして恐竜は鳥になった』、誠文堂新光社、2013. ISBN 978-4-416-11365-3. 公式: 株式会社誠文堂新光社 / そして恐竜は鳥になった 書評: 土屋健『そして恐竜は鳥になった』(小…

【本読み】『凹凸形の殻に隠された謎』

内容が忘却の彼方に行きそうなので、ここで一旦公開する。 対象の本 椎野勇太『凹凸形の殻に隠された謎 腕足動物の化石探訪(シリーズ:フィールドの生物学)』、東海大学出版部(発行当時は「東海大学出版会」かも)、2013. ISBN 978-4-486-01849-0 公式: …

【論文読み】世界一大きな(重い)ハチドリのエネルギ消費は他のハチドリのスケーリングから外れてはいない

対象論文 Fernández, M. J., Dudley, R. & Bozinovic, F. 2011 Comparative energetics of the giant hummingbird (Patagona gigas). Physiol. Biochem. Zool. 84, 333–340. (doi:10.1086/660084) 概要 対象動物 giant hummingbird(オオハチドリ、学名 Pat…

Adobe Creative Cloud を某工大でインストールするには(Win 10)

ひとことで言うと: VPNしろ。 前提 前提として、プロキシの設定は次のようにしておけば良い: 設定を自動的に検出する → OFF セットアップ スクリプトを使う → OFF プロキシ サーバーを使う → ON. プロキシはいつものやつ。 次のエントリで<略>のところの…

【論文読み】The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages

だいたい書けたけどまとまらない… 対象 McHenry, M. J., Anderson, P. S. L., Van Wassenbergh, S., Matthews, D. G., Summers, A. P. & Patek, S. N. 2016 The comparative hydrodynamics of rapid rotation by predatory appendages. J. Exp. Biol. 219, 3…

pandas で各要素の有効数字を揃える(「小数点以下何桁」ではなく)

Introduction df.round(n) だと「小数点以下n桁」で四捨五入される丸められるだけで、有効数字を揃えたい場合はちょっと違う、ということがあった。 たとえば df という DataFrame の中身として 12.345 9.8760 があったとき、df.round(2) すると、 12.34 9.8…

mac (w/ Python 3 & PyQt5) で ocXgag

Introduction 鳥人間な制御屋さんが公開してくれた ocXgag という翼型の調整ソフトがちょっと面白そうだった: 失速特性を考慮した翼型設計ocXgag その1 背景 - A Plane On The Sand 失速特性を考慮した翼型設計ocXgag その2 公開と使い方 - A Plane On The …

1password extension for Chrome (on Mac) で 1password (for Mac) が見つからないやつ → プロキシが怪しい

もうちょっと具体的に言うと、ブラウザエクステンションをインストールしたあとで初めて Chrome 右上の 1password アイコンをクリックした時の話。すでに 1password for Mac をインストールしてあるのに、「見つかりません」とか言われる。説明文のバージョ…

【論文読み】翅が摩耗して短くなったマルハナバチは機動性(加速度)が少し低下する。これにより死亡率が増加するのかもしれない

基本情報 Mountcastle, A. M., Alexander, T. M., Switzer, C. M. & Combes, S. A. 2016 Wing wear reduces bumblebee flight performance in a dynamic obstacle course. Biol. Lett. 12, 20160294. (doi:10.1098/rsbl.2016.0294)を読んだのでメモ、コメン…

【論文読み】ショウジョウバエの翼平面形は機動性に最適化されてはいない

論文内容まとめ 対象 Ray, R. P., Nakata, T., Henningsson, P. & Bomphrey, R. J. 2016 Enhanced flight performance by genetic manipulation of wing shape in Drosophila. Nat. Commun. 7, 10851. (doi:10.1038/ncomms10851) オープンアクセスなので誰で…

fortran でよく使うコンパイラオプションのメモ

自分用。あとで書き足す リンク Debugging tools in Fortran Wiki Invoking GNU Fortran - The GNU Fortran Compiler gfortran 牛島先生本で紹介されていたのがキッカケで使い始めた g95 がわりと好きだったんだけど、だいぶ前から開発が止まってる(という…

FieldView(可視化ソフト)のライセンスマネージャ (flexlm) が落ちた時の対応 (Linux)

前のブログにも書いたんだけど、さっきまた遭遇したので、再掲しとく。 環境 x86_64 (64 bit) の CentOS. 他の場合は変わるかも。FV のバージョンはライセンスサーバごとに複数ある。 やること コマンドを2つ叩くだけ。セキュリティの設定次第かもしれないが…

atom メモ

随時追加するかも自分で設定したのかどうかもう忘れたけど、「いまカーソルがある位置の単語でいきなり検索」は cmd + F3 (mac).